Ο πρώην επικεφαλής του κράτους κατηγορείται για συνωμοσία με την παλαιστινιακή οργάνωση Χαμάς, η οποία τον Ιανουάριο του 2011 βοήθησε να δραπετεύσει από τις φυλακές του Καΐρου του ίδιου και των πάνω από 30 μελών των «Αδελφών μουσουλμάνων».

Ο ίδιος ο Μόρσι υποστηρίζει ότι αυτόν και τους συναδέλφους του βοήθησαν να δραπετεύσουν από τη φυλακή οι κάτοικοι της περιοχής.